少年三国志的军师功能在玩家角色等级达到90级时开启。达到这个等级后，系统会自动解锁军师系统，玩家便可以开始获取并使用军师。开启玩家可以通过招募、购买等方法获取军师，并将其上阵到阵容中。需90级时只能上阵一个军师，而当等级提升至95级后，就能解锁第二个军师位置，同时上阵两名军师了。军师和直接参与战斗的武将不同，他们不会直接进行攻击，而是为己方所有单位提供全方面的属性加成和强大的技能效果，这些加成包括攻击、防御、暴击等多种能力，能显著提升队伍的整体战斗力。
军师玩法的入口位于游戏主界面下方，点击相应的图标即可进入军师选择与培养界面。军师系统的核心之一是计谋，即军师在战斗中释放的各类技能，主要作用是对敌方造成伤害与施加减益效果，或对友方进行治疗与施加增益效果。计谋功能在玩家等级达到13级后便会开启升级功能，可以通过消耗兵法心要来提升计谋的等级，升级时还有几率出现暴击，获得额外提升。每位军师都拥有3个普通技能和1个大招，这些技能的释放需要消耗计力，而计力会在战斗过程中缓慢恢复，因此需要合理规划技能的使用时机。
军师的培养主要围绕计谋、法器和奇门等多个方向展开。法器系统在玩家20级之后开启，其本质相当于军师的升星系统，通过消耗收集到的军师碎片进行领悟和升星，可以提升军师的技能效果和基础属性。军师碎片主要通过参与巅峰论战等特定玩法获得。奇门功能同样在20级后开放，每位军师拥有的奇门效果各不相同，能够为所有对应职业的武将提供不同的计谋加成，这是搭配阵容时需要重点考虑的因素。军师还有境界等培养维度，同样需要消耗碎片来提升。
在实战中运用军师，关键在于根据自身阵容选择合适的军师并把握技能释放时机。军师没有绝对的最好，只有是否合适，选择军师的前提是先确定自己的主力阵容。军师的作用是辅助和增益，是对自身阵容短板的补充或长板的强化。以弓兵为主的爆发阵容可能选择能提供灼烧和暴击加成的军师；而注重生存的防御阵容，则可能更需要选择拥有回血、减伤和护盾技能的军师。在布阵时，可以在战前选择军师界面进行挑选和查看详情，战斗中则通过界面右下角的按钮来释放军师的各种技能。
